در آینده‌ای نه چندان دور، فاجعه‌ای هولناک بشریت را تهدید می‌کند: بالا آمدن ناگهانی سطح آب دریا، شهرهای ساحلی را به زیر امواج فرو می‌برد. در این میان، ایکاروگا ناتسوکی، پسری غمگین که در کودکی مادر و پدرش را از دست داده، به دنبال پناهگاهی در خاطرات خوش گذشته خود می‌گردد.بازگشت او به خانه پدری، با منظره‌ای ناامیدکننده از ویرانی سیل روبرو می‌شود. اما در میان تاریکی، امیدی ناگهانی پدیدار می‌شود: سفری به اعماق اقیانوس برای یافتن گنجینه‌ای افسانه‌ای که مادربزرگش به یادگار گذاشته است.ناتسوکی در این سفر پرماجرا، با رباتی انسان‌نما به نام آتری روبرو می‌شود که رازهایی شگفت‌انگیز را در دل خود نهفته دارد. پیوندی عمیق بین این دو شکل می‌گیرد و سفری پر از رمز و راز، موجودات خارق‌العاده و ماجراجویی‌های نفس‌گیر آغاز می‌شود.