داستان سریال انیمه در آینده‌ای نزدیک قرار داده شده و نبرد میان چند انسان باقی مانده و ارتش ماشین‌ها را روایت می‌کند. هوش مصنوعی موسوم به «اسکای‌نت» به خودآگاهی رسیده و جنگ با انسان‌ها را شروع کرده اما سربازی به گذشته و سال ۱۹۹۷ فرستاده می‌شود تا سرنوشت بشر را تغییر دهد. این زن در آن سال باید از دانشمندی به نام «مالکم لی» محافظت کند که در حال کار بر روی یک هوش مصنوعی جدید و مکمل برای «اسکای‌نت» است.